Ðể có liền sẹo lâu dài và tránh loét tái phát, cần phải loại trừ hoàn toàn H. pylori và giảm hoặc ngừng dùng thuốc chống viêm không steroid.
Ðiều trị chứng viêm thực quản do trào ngược dạ dày - thực quản: Liều thường dùng là 20 - 40mg, uống mỗi ngày 1 lần, trong thời gian từ 4 - 8 tuần; sau đó có thể điều trị duy trì với liều 20mg, 1 lần/ ngày.
Ðiều trị loét: Uống mỗi ngày một lần 20mg (trường hợp nặng có thể dùng 40mg) trong 4 tuần nếu là loét tá tràng, trong 8 tuần nếu là loét dạ dày. Không nên dùng kéo dài hơn thời gian trên. Trị liệu bằng omeprazol làm giảm độ toan trong dạ dày nhưng lại làm tăng gastrin, tuy nhiên là tăng tạm thời và phục hồi được. Khi điều trị dài ngày, dễ gặp tăng sinh nang tuyến dạ dày. Những thay đổi đó có tính chất sinh lý, lành tính và hồi phục được. Tác dụng ức chế tạo proton đồng biến với vùng nằm dưới đường cong nồng độ - thời gian, chứ không chỉ đơn thuần với nồng độ thuốc trong huyết tương. Liều uống 20mg omeprazol làm giảm tạo HCl trong vòng 2 giờ. Dùng nhiều ngày, mỗi ngày uống 1 liều thì tác dụng tối đa sẽ đạt được sau 3 - 5 ngày. Từ đó, độ toan của dạ dày bị giảm đi trung bình là 80% và sự tạo HCl do kích thích bằng pentagastrin bị giảm đi 70% sau khi uống thuốc 24 giờ. Tác dụng ức chế bài tiết HCl của thuốc kéo dài; tác dụng này hết sau khi ngừng dùng thuốc 5 ngày. Uống một nang 20mg đầu tiên đã có tác dụng làm giảm các triệu chứng, và ở phần lớn người bệnh bị loét tá tràng trong vòng 2 tuần lễ đã thấy lên sẹo. Ở người loét dạ dày và viêm thực quản có trào ngược thì trung bình phải 4 tuần mới liền sẹo.Tuy nhiên, tỷ lệ tái phát sẽ cao, nếu không triệt được H. pylori và nếu không giảm hoặc ngừng việc sử dụng thuốc chống viêm không steroid (ngay cả dưới dạng viên bao hay viên được giải phóng chậm), vì thuốc chống viêm không steroid ức chế sự tổng hợp prostaglandin cần cho bảo vệ niêm mạc dạ dày.
Sử dụng omeprazol trong điều trị loét: Omeprazol chỉ là một trong các thuốc trị liệu với công thức 2 hoặc 3 thuốc (ức chế bơm proton, kháng sinh, thuốc chống acid). Cần chú ý rằng 30% số người bệnh có H. pylori kháng lại các nitro - imidazol. Ðể triệt H. pylori, thuốc thường được dùng là amoxycilin (hay tetracyclin) + metronidazol (hay tinidazol) trong 10 ngày. Nên uống omeprazol đồng thời với amoxicilin, vì nếu dùng omeprazol trước thì sẽ làm giảm tác dụng của cả hai thuốc này. Trị liệu dùng 3 thuốc thường gây nhiều tác dụng không mong muốn hơn so với dùng 2 thuốc, nhưng trong cả hai trường hợp, tác dụng không mong muốn đều nhẹ. Khi chọn lựa phương án điều trị, phải tính đến cả tính kháng kháng sinh của H. pylori. Do đó phải nuôi cấy H. pylori.Nếu dùng liều cao thì không được ngừng thuốc đột ngột mà phải giảm dần.
Ðiều trị hội chứng Zollinger - Ellison: Mỗi ngày uống một lần 60mg (20 - 120mg mỗi ngày); nếu dùng liều cao hơn 80mg thì chia ra 2 lần/ ngày. Liều lượng cần được tính theo từng trường hợp cụ thể và trị liệu có thể kéo dài tùy theo yêu cầu lâm sàng. Không được ngừng thuốc đột ngột.